醫(yī)院設(shè)有兒科、腦病科、神志病科、腫瘤科、骨傷科、耳鼻喉科、風(fēng)濕病科、外科、婦科、急診科、肺病科、腦病科、腎病科、血液病科、肛腸科、疼痛科、眼科、脾胃病科、藥劑科、檢驗(yàn)科、功能科、病理科等臨床和醫(yī)技科室。其中，醫(yī)院擁有衛(wèi)生部國(guó)家臨床重點(diǎn)?？?個(gè)，國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)，國(guó)家中醫(yī)重點(diǎn)?？?個(gè)，上海市優(yōu)勢(shì)專科2個(gè)，上海市傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)示范中心1個(gè)，上海市中醫(yī)預(yù)防保健示范單位1個(gè)。另外，設(shè)有上海市中醫(yī)藥研究院中醫(yī)兒科研究所，并與上海市中醫(yī)藥研究院老年病研究所合作成立中醫(yī)老年病轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中心，還與上海市中醫(yī)藥學(xué)會(huì)合作成立上海名老中醫(yī)學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)研究中心。